Publications

Export results as:

Showing 1 - 10 results of 39

2024

Recording provenance of workflow runs with RO-Crate

PLOS ONE

S. Leo, M. R. Crusoe, L. Rodriguez-Navas, R. Sirvent, A. Kanitz, P. De Geest, R. Wittner, L. Pireddu, D. Garijo, J. M. Fernández, I. Colonnelli, M. Gallo, T. Ohta, H. Suetake, S. Capella-Gutierrez, R. de Wit, B. P. Kinoshita, and S. Soiland-Reyes
New developments for the Quest for Orthologs benchmark service

NAR Genomics and Bioinformatics

A. Altenhoff, Y. Nevers, V. Tran, D. Jyothi, M. Martin, S. Cosentino, S. Majidian, M. Marcet-Houben, D. Fuentes-Palacios, E. Persson, T. Walsh, O. Lecompte, T. Gabaldón, S. Kelly, Y. Hu, W. Iwasaki, S. Capella-Gutierrez, C. Dessimoz, P. D. Thomas, I. Ebersberger, and E. Sonnhammer
Rare disease research workflow using multilayer networks elucidates the molecular determinants of severity in Congenital Myasthenic Syndromes

Nature Communications

I. Núñez-Carpintero, M. Rigau, M. Bosio, E. O’Connor, S. Spendiff, Y. Azuma, A. Topf, R. Thompson, P. A. C. ’t Hoen, T. Chamova, I. Tournev, V. Guergueltcheva, S. Laurie, S. Beltran, S. Capella-Gutierrez, D. Cirillo, H. Lochmüller, and A. Valencia
Systematic assessment of long-read RNA-seq methods for transcript identification and quantification

Nature Methods

F. J. Pardo-Palacios, D. Wang, F. Reese, M. Diekhans, S. Carbonell-Sala, B. Williams, J. E. Loveland, M. De María, M. S. Adams, G. Balderrama-Gutierrez, A. K. Behera, J. M. Gonzale Martinez, T. Hunt, J. Lagarde, C. E. Liang, H. Li, M. Jerryd Meade, D. A. Moraga Amador, A. D. Prjibelski, I. Birol, H. Bostan, A. M. Brooks, M. Hasan Çelik, Y. Chen, M. R. M. Du, C. Felton, J. Göke, S. Hafezqorani, R. Herwig, H. Kawaji, J. Lee, J-L. Li, M. Lienhard, A. Mikheenko, D. Mulligan, K. Ming Nip, M. Pertea, M. E. Ritchie, A. D. Sim, A. D. Tang, Y. Kei Wan, C. Wang, B. Y. Wong, C. Yang, I. Barnes, A. E. Berry, S. Capella-Gutierrez, A. Cousineau, N. Dhillon, J. M. Fernandez-Gonzalez, L. Ferrández-Peral, N. Garcia-Reyero, S. Götz, C. Hernández-Ferrer, L. Kondratova, T. Liu, A. Martinez-Martin, C. Menor, J. Mestre-Tomás, J. M. Mudge, N. G. Panayotova, A. Paniagua, D. Repchevsky, X. Ren, E. Rouchka, B. Saint-John, E. Sapena, L. Sheynkman, M. Laird Smith, M-M. Suner, H. Takahashi, I. A. Youngworth, P. Carninci, N. D. Denslow, R. Guigó, M. E. Hunter, R. Maehr, Y. Shen, H. U. Tilgner, B. J. Wold, C. Vollmers, A. Frankish, K. Fai Au, G. M. Sheynkman, A. Mortazavi, A. Conesa, and A. N. Brooks
FAIRsoft—a practical implementation of FAIR principles for research software

Bioinformatics

E. Martíndel Pico, J. Lluis Gelpí, and S. Capella-Gutierrez
ONCOLINER: A new solution for monitoring, improving, and harmonizing somatic variant calling across genomic oncology centers

Cell Genomics

R. Martín, N. Gaitán, F. Jarlier, L. Feuerbach, H. de Soyres, M. Arbonés, T. Gutman, M. Puiggròs, A. Ferriz, A. Gonzalez, L. Estelles, I. Gut, S. Capella-Gutierrez, L. D. Stein, B. Brors, R. Royo, P. Hupé, and D. Torrents
Rare disease research workflow using multilayer networks elucidates the molecular determinants of severity in Congenital Myasthenic Syndromes

Nature Communications

I. Núñez-Carpintero, M. Rigau, M. Bosio, E. O'Connor, S. Spendiff, Y. Azuma, A. Topf, R. Thompson, T. Chamova, I. Tournev, V. Guergueltcheva, S. Laurie, S. Beltran, S. Capella-Gutierrez, D. Cirillo, H. Lochmüller, and A. Valencia
WOMBAT-P: Benchmarking Label-Free Proteomics Data Analysis Workflows

Journal of Proteome Research

D. Bouyssié, P. Altıner, S. Capella-Gutierrez, J. M. Fernández, Y. Paco Hagemeijer, P. Horvatovich, M. Hubálek, F. Levander, P. Mauri, M. Palmblad, W. Raffelsberger, L. Rodriguez-Navas, D. Di Silvestre, B. Tibor Kunkli, J. Uszkoreit, Y. Vandenbrouck, J. Antonio Vizcaíno, D. Winkelhardt, and V. Schwämmle

2023

Pages